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生物信息学分析师 | Bioinformatics Analyst

毕业于伦敦卫生与热带医学院医学微生物学专业，专注于生物信息学分析流程开发与自动化。擅长使用R语言进行单细胞与多组学分析、医学统计建模以及网络药理学研究。目前从事生信分析平台搭建与维护工作，致力于开发基于AI的高效分析工具，提升生物医学数据分析效率。

研究兴趣

单细胞与多组学分析
转录组分析、细胞通讯、拟时序分析、WGCNA共表达网络
医学统计与预测模型
Meta分析、孟德尔随机化、机器学习建模
网络药理学与分子对接
序列分析、蛋白功能预测、药物-靶点网络构建
病原体基因组学
病原体基因组分析、分泌系统研究、高通量测序数据处理

项目与工具

DEG - 差异表达分析
交互式差异表达基因分析工具，提供可视化选项和基础的统计分析功能
ORA - 过表达富集分析
进行GO和KEGG通路富集分析，配备AI用以辅助解读
NPM - 网络药理学分析
基于TCMSP和SwissTargetPrediction的半自动分析流程
MeSH - 医学主题词搜索
基于MeSH数据库的生物关键词收集工具，用于专业文献搜索

技能专长

R / Bioconductor
Python
Shell / Linux
单细胞分析
医学统计建模
AI工具开发
平台开发部署
高通量测序

工作经历

2024.9 - 至今
重庆博艾生物医学研究院（集团）有限公司 | 生信分析师
负责常规生信分析与自动化流程搭建。主要成果包括：全自主搭建并维护公司生信分析平台；主导多个生信分析管道的自动化流程搭建；开发基于AI的批量分析工具，大幅提高医学统计和meta分析项目的效率；本地小型AI部署；生信分析相关培训与讲解
2023.11 - 2024.4
迈克生物股份有限公司 | 试剂研发工程师
协助开发公司相关试剂与软件工具。主要成果包括：参与研究冻干技术，并与多个qPCR相关项目整合；独立设计图像识别算法工具，显著提升研究结果判定的效率；负责自主研发的生物信息学序列比对工具的开发

教育背景

2022.9 - 2023.9
伦敦卫生与热带医学院（LSHTM） | 医学微生物学理学硕士
传染病与热带病学院。课程包括：病原体基因组学、高级分子生物学、细菌学和病毒学、临床细菌学和病毒学、研究分析和设计。毕业项目：空肠弯曲杆菌VI型分泌系统(T6SS)及其效应器的生物信息学分析
2020.9 - 2022.9
利物浦大学（University of Liverpool） | 微生物学理学学士
获得二等一学位。生命科学学院。课程包括：细菌性疾病机制、病毒性疾病机制、微生物组、健康与疾病中的免疫系统、生物技术、先进生物技术、全球健康专题等。毕业项目：人工铜绿假单胞菌群落作为体外工具用于测试囊性纤维化(CF)肺部感染的抗菌疗法
2018.9 - 2020.7
西交利物浦大学（XJTLU） | 生命科学理学学士
生命科学学院。课程包括：生命科学家的关键技能、进化与遗传学、统计学、线性代数、生物化学、微积分、物理等，为后续深造打下坚实基础

科研项目

2023.6 - 2023.8
硕士研究生毕业项目 | 伦敦卫生与热带医学院
课题：空肠弯曲杆菌VI型分泌系统(T6SS)及其效应器的生物信息学分析
目标：设计一个生信分析管道，利用生物信息学分析方法确定空肠弯曲杆菌中VI型分泌系统及其效应物的分布情况，并可视化其遗传结构
主要任务：收集并筛选公共数据库中的空肠弯曲杆菌基因组数据；构建本地基因组数据库；搭建生信分析管道，批量生成可视化的VI型分泌系统及其上下游效应子基因座
2022.3 - 2022.5
本科毕业项目 | 利物浦大学
课题：人工铜绿假单胞菌群落作为体外工具用于测试囊性纤维化(CF)肺部感染的抗菌疗法
目标：创建具有多种突变基因型的铜绿假单胞菌混合人工种群以模拟囊性纤维化肺部感染中的真实细菌种群情况
主要任务：构建多突变型铜绿假单胞菌混合人工菌群；通过qPCR定量不同突变株在不同抗生素处理下的分布变化；数据分析并撰写研究报告